结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.53(3.06~3.12)
上周发布了哪些“结构”文章？又取得了哪些科研进展？
结构速递栏目以每周“结构”相关领域刊文为主题，梳理一周结构发文大事记，“结构速递”为您传递最新、最快、最权威的结构资讯。
2023.3.06~2023.3.12
CNS刊登文章
01
Nature
2023/3/08
1. “Structural basis for bacterial energy extraction from atmospheric hydrogen”
多种好氧细菌利用大气中的 H2 作为生长和生存的能源。这一过程具有全球意义，它可以调节大气成分，增强土壤生物多样性并推动极端环境中的初级生产。大气中的 H2 氧化被归因于 [NiFe] 氢化酶超家族的未表征成员。然而，这些酶是如何克服环境中的催化毒物 O2 氧化皮摩尔水平的 H2 的非凡催化挑战，以及衍生电子是如何转移到呼吸链，这些问题仍未得到解决。
来自莫纳什大学的Chris Greening和Rhys Grinter实验室合作解析了耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis) 氢化酶 Huc 的冷冻电镜结构并探讨了其作用机制。Huc 是一种高效的对氧不敏感的酶，能将大气中 H2 的氧化与呼吸电子载体甲基萘醌的氢化作用耦合在一起。Huc 使用狭窄的疏水气体通道，以牺牲 O2 为代价选择性地结合大气中的 H2，并且使用3 [3Fe-4S] 簇调节酶的性质，因此大气中的 H2 氧化在能量上是可行的。Huc 催化亚基在膜相关的茎周围形成一个833kDa的八聚体复合物，它从膜上转运和还原甲萘醌。这些发现为具有生物地球化学和生态学意义的大气 H2 氧化过程提供了机制基础见解，揭示了依赖于远距离醌传输的能量耦合模式，并为开发环境空气中 H2 氧化催化剂铺平了道路。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05781-7
02
Science
2023/03/09
“Structure and mechanism of the plant RNA polymerase V”
除了真核生物中保守的 RNA 聚合酶 (Pols) I-III 之外，植物则拥有两种由Pol II进化而来的特化的DdRPs (DNA-dependent RNA polymerases），Pol IV和Pol V。这两种非典型聚合酶 Pols IV 和 V 在植物的 RNA 指导的 DNA 甲基化 (RdDM, RNA directed DNA methylation) 通路中特异性产生非编码 RNA。
来自南方科技大学的杜嘉木教授课题组解析了花椰菜中 Pol V 的结构以及其转录延伸结构。NRPE2 的保守酪氨酸残基与转录泡的 dsDNA 分支堆叠，可能通过诱导转录停滞来减缓延伸进程。非模板 DNA 链被 NRPE2 捕获以增强转录回溯，从而增加 3'-5' 切割，这个机制可能促进了 Pol V 的高保真度。这些结构还阐明了 Pol V 转录停滞和增强回溯的机制，这可能对于 Pol V 在染色质上的保留以发挥其在 RdDM 的束缚下游因子中的作用很重要。
原文链接
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adf8231
Cell
本周无
2023.3.06~2023.3.12
子刊刊登文章
01
Nature Structural & Molecular Biology
3.09
“Phase separation properties of RPA combine high-affinity ssDNA binding with dynamic condensate functions at telomeres”
02
Nature Communications
3.06
3.07
3.07
3.“Structural basis of peptide recognition and activation of endothelin receptors”
3.08
4.“Two-step structural changes in M3 muscarinic receptor activation rely on the coupled Gq protein cycle”
3.10
5.“Structure of the Newcastle Disease Virus L protein in complex with tetrameric phosphoprotein”
3.10
6.“C–N bond formation by a polyketide synthase”
3.10
7.“Intermediate-state-trapped mutants pinpoint G protein-coupled receptor conformational allostery”
3.11
8.“Molecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor”
3.11
9.“Cryo-EM structures of human Cx36/GJD2 neuronal gap junction channel”
3.11
3.13
11.“A live dengue virus vaccine carrying a chimeric envelope glycoprotein elicits dual DENV2-DENV4 serotype-specific immunity”
3.13
12.“Structural basis of vitamin C recognition and transport by mammalian SVCT1 transporter”
03
Science Advances
3.10
“Design of a minimal di-nickel hydrogenase peptide”
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
排版 | 囡囡
排版设计 | 可洲
Cell Research
本周无
Molecular Cell
本周无
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